Quadern de bitàcola

El viatge amb el Beagle va durar cinc anys (del 27 de desembre de 1831 al 2 d'octubre de 1836), dels quals vaig passar dos terços a terra. Observava amb determinació una rica varietat de característiques geològiques, fòssils i organismes vius, recollits metòdicament en una enorme quantitat d'espècies, moltes d'elles noves per la ciència. De tant en tant enviava mostres a Cambridge, juntament amb cartes sobre les meves conclusions. Aquestes mostres i cartes van establir la meva reputació com a naturalista. El diari que vaig escriure per la meva família, va ser El viatge del Beagle, que resumeix els meus descobriments i ofereix una visió social, política i antropològica de la gran varietat de gent que vaig conèixer, tant nadius com colons.
A bord de la nau, vaig patir un mal de mar l'octubre del 1833. Al juny del 1834 vaig agafar una forta febre a l'Argentina i, quan tornava de la serralada de l'Andes cap a Valparaíso, vaig caure malalt i vaig estar un mes al llit.
Vaig continuar fent descobriments, alguns d'ells particularment dramàtics. A les meves primeres parades a terra ferma a Santiago,vaig trobr-me amb una banda blanca situada a la part elevada d'uns penya-segats de roca volcànica, que consistia en fragments de corall i petxines. Això corresponia al concepte de Lyell de la lenta pujada o baixada de la terra.Posteriorment vaig veure reforçades les meves conclusions en observar planes de pedres i petxines marines a la Patagònia i després d'experimentar un terratrèmol a Xile, on vaig veure com moltes cloïsses havien sigut mogudes per sobre la línia de marea, demostrant que la terra havia acabat de pujar. A la serralada de l'Andes vaig veure diversos arbres fòssils que havien crescut en una platja de sorra, amb petxines al seu voltant. Vaig teoritzar que els atols de corall es formaven a muntanyes volcàniques en procés d'enfonsament, i ho vaig confirmar quan el Beagle va explorar les illes Cocos.
Durant el primer any a Sud-amèrica, vaig fer un important descobriment de fòssils d'enormes mamífers extints al costat de petxines modernes, indicant una extinció recent sense cap canvi o senyal de catàstrofe. Entre ells figuraven el poc conegut megateri i fragments d'armadures que semblaven versions gegants de l'armadura dels armadillos locals, així com espècies desconegudes que van despertar gran interès quan foren enviades a Anglaterra.
A Argentina,vaig trobar dos tipus de nyandús que tenien territoris separats, però que s'encavalcaven. A les illes Galàpagos vaig anar caçant aus i vaig remarcar que els mímids eren diferents depenent de l´illa on visquessin. Vaig sentir que els espanyols autòctons podien saber de quina illa era les tortugues només veure-les, però creia que els rèptils havien estat importats per bucaners.  A Austràlia, vaig veure que els marsupials potoroids i els ornitorincs tenien una aparença tan inusual que semblava que hi hagués hagut dos creadors diferents.
A Ciutat del Cap, FitzRoy em vaig reunir amb John Herschel.
Tres nadius que havien estat agafats de la Terra del Foc durant el viatge anterior del Beagle hi van tornar convertits en pioners. Es van "civilitzar" a Anglaterra durant els dos anys anteriors, però els seus familiars em van semblar "salvatges miserables i degradats". Vaig pensar que els éssers humans no eren tan diferents dels animals, i vaig veure que les diferències culturals relacionades amb els avenços cap a la civilització donaven lloc a un ser racional.